Новости

19

Полногеномная амплификация для single-cell секвенирования при помощи транспозонов

posted on
Полногеномная амплификация для single-cell секвенирования при помощи транспозонов

Для секвенирования ДНК одиночных клеток требуется амплификация всего генома – именно этот этап вносит наибольшее количество ошибок, таких как потеря гетерозиготных аллелей, предпочтительная амплификация простых последовательностей и погрешности в результате неспецифического отжига праймеров. Более того, методы, описанные ранее (такие как MDA и MALBAC), амплифицируют геном экспоненциально – это означает, что некоторые последовательности представлены в десятки раз чаще, чем другие. 

Новый метод под названием «Линейная амплификация путем вставки транспозонов» (Linear Amplification via Transposon Insertion, LIANTI) позволяет амплифицировать весь геном линейно и, фактически, без использования специфических праймеров. Транспозаза в комплексе с транспозоном LIANTI рубит геном на части примерно по 400 пар нуклеотидов, а транспозон, представляющий собой шпильку, остается висеть на концах фрагментов. Внутри шпильки транспозон содержит промотор для полимеразы бактериофага Т7, которая транскрибирует фрагменты в РНК, после чего транспозон сам служит праймером для обратной транскриптазы.

Рисунок 1: показывает преимущества линейной амплификации над экспоненциальной.
Рисунок 1: показывает преимущества линейной амплификации над экспоненциальной.
 
Рисунок 2: схема линейной амплификации путем вставки транспозонов.



Такой метод позволяет анализировать вариации числа копий генов (Copy Number Variations, CNV) c разрешением до 1 килобазы, а также с большей точностью, чем предыдущие методы, детектировать единичные замены нуклеотидов (Single Nucleotide Variants, SNV), происходящие, например, при облучении клеток ультрафиолетом и часто выявляющиеся в клетках меланомы и других раковых линий. А еще, как отмечают авторы, в транспозоны можно добавлять баркоды – они позволят одновременно секвенировать много клеток. 
 

| Categories: | Tags: генетика, секвенирование генома, геномное секвенирование | Comments: (0) | View Count: (190) | Return
0 ( 0 reviews)

Post a Comment